本校於省立臺東師範學院時代,既承教育部對於自然科學教育發展的重視而設立科學教育中心。
民國92年8月1日,國立臺東師範學院改制為國立台東大學,本中心改隸屬於師範學院下的二級中心單位。
民國86年8月,學校決定將原先為獨立運作的科學教育中心和應用科學系(當時為自然科學教育系)結合,科教中心的主任則由系主任兼代,應用其較充沛的人力與經費,為臺東地區做更充實的服務和提升本身的研究能力。
民國98年9月,因無專任的行政人員,行政業務的延續性及中心管理受到影響,科學教育中心再度獨立,並改隸屬於師範學院下。
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